Bacon, 1608 yılından itibaren yeryüzünde bir bilimsel keşif merkezi gibi işleyecek ideal bir devlet tasarlamak ister. Yeni Atlantis adıyla kurguladığı ütopik çalışmasında bu isteğini gözler önüne serer. Yeni Atlantis’i yazarken esinlendiği eserler Platon’un Devlet, Timaeus ve Critias’ı ile Thomas More’un Ütopya’sıdır. Bacon eserini önce İngilizce kaleme almış, sonra da ölümsüzlüğe kavuşacağı inancıyla Latinceye çevirmiş ve İngilizce metinde olmayan birçok ekleme yapmıştır.
Dünyanın uçsuz bucaksız denizlerinde, kaybolmuş ada Bensalem’in keşfedilmesiyle başlayan olayların anlatıldığı Yeni Atlantis’in ilk sayfaları, bir yıl Peru’da konakladıktan sonra Çin ve Japonya’ya doğru yola çıkan Avrupalı denizcilerin açık denizlerde doğaya karşı verdikleri mücadeleye ayrılmıştır. Büyük felaketlerin ardından bir ütopyayı hayata geçiren insanların arasında yaşamaya başlarlar.
Yeni Atlantis, Bacon’ın toplumların bilimle gelişeceğine olan inancının aynasıdır. Eski ütopyaların içeriğindeki sosyal yasama, dinsel reformlar ve bilginin dağılımına kendi ütopyasında bilimin iktidarını katmıştır. Bacon, ideal devletin doğayı insanoğlunun yararına nasıl kullanabileceğini somut olarak göstermeye çalışmıştır.
